STAI Wakatobi memiliki dua gedung yakni satu gedung perkulihan dan Ruang dosen, gedung perkuliahan terdiri dari 5 Ruangan tempat Perkuliahan, Ruang Pimpinan, dan Ruang Perpustakaan. sementara Ruang dosen sekaligus menjadi sekretariat
STAI Wakatobi memiliki dua gedung yakni satu gedung perkulihan dan Ruang dosen, gedung perkuliahan terdiri dari 5 Ruangan tempat Perkuliahan, Ruang Pimpinan, dan Ruang Perpustakaan. sementara Ruang dosen sekaligus menjadi sekretariat